Родился 1 октября 1975 г. в Ленинграде.
Окончил Географический факультет СПбГУ (кафедра физической географии) в 1998 г. Кандидат географических наук – защитил диссертацию на тему «Метеорологический режим центральной Антарктиды и его роль в формировании изотопного состава снежной толщи» в 2003г. В следующем, 2004 г., получил Diplôme de Docteur de l'Université Joseph Fourier (Гренобль, Франция). Тема диссертации: «Meteorological regime of central Antarctica and its role in the formation of isotope composition of snow thickness».
С 1997 г. работает в ААНИИ и сейчас является ведущим научным сотрудником Лаборатории изменений климата и окружающей среды института.
В 2007–2008 гг. работал Postdoc в компании «Institute of Low Temperature Sciences» (Саппоро, Япония).
С 2011 г. также работает в СПбГУ, доцент кафедры физической географии и ландшафтного планирования Института наук о Земле. Преподаёт курс «Геохимические методы в палеогеографии и гляциологии».
Участвовал во многих экспедициях. В них А.А. Екайкин отправляется ежегодно. Трижды он бывал в Арктике, 16 раз – в Антарктиде. Он стал постоянным участником Российской Антарктической экспедиции и опытным полярником. Неоднократно работал на антарктической станции Восток. Сфера его научных интересов – гляциология, палеоклиматология, изучение подледникового оз. Восток. Он стал одним из авторов доклада «Океан и криосфера в меняющемся климате
Межправительственной группы экспертов по изменению климата (IPCC). Автор многих научных и научно-популярных публикаций.
Охотно откликается на предложения различных медиа-платформ выступить с рассказом об изменениях климата, об изучении Антарктиды и ледовых кернов. Ведёт страницу в Инстаграм и ЖЖ, записи его лекций доступны в YouTube.
В 2012 г. был награждён орденом «За морские заслуги» «за большой личный вклад в организацию и осуществление проекта прοниκнοвения в пοдледниκовое озеро Вοстοк (Антарктида) в рамках Федеральнοй целевой прοграммы «Мирοвой океан» (указ Президента РФ от 21.08.2012 № 1176) и знаком «Почётный работник охраны окружающей среды»