Родился 12 апреля 1964 г. в Ленинграде.
Уже в школьные годы увлёкся киносьёмкой, первый опыт получил в 12 лет.
После службы механиком самолёта Миг-31 в части ПВО, выбрал для поступления Ленинградский гидрометеорологический института (ЛГМИ, ныне – РГГМУ). ВУЗ располагал флотом из трёх яхт и НИС «Профессор Дорофеев», а в то время Дмитрию хотелось стать океанологом. Но его отговорили и посоветовали поступить на метеорологический факультет. Выбор был сделан,о чём Д.Ю. Столбову никогда не пришлось сожалеть. За время учёбы удалось поработать по НИСовским темам института на снеголавинных станциях Кавказа и в 1990 г. защитить диплом по физике льда.
Д.Ю. Столбов окончил ЛГМИ в 1990 г. и получил распределение на «родную» кафедру ЭФА (экспериментальная физика атмосферы), где в 1991 г. ему дали отпуск за свой счёт для участия в подводно-археологических экспедициях на Балтике и Командорских островах (поиск следов экспедиции В. Беринга). В этих экспедициях Д.Ю. Столбов познакомился с видеосъёмкой, снимал VHS камерой, подаренной бароном Фальц-Фейном обществу «Память Балтики». И приобрёл первый опыт подводной видеосъёмки. Экспедиция на Командорские острова была успешной, найденные артефакты помогли в том числе восстановить облик В. Беринга.
В 1992 г. Д.Ю. Столбова пригласили принять участие в трансатлантической регате «Колумб-1992». Он принял решение уйти из ЛГМИ. В непростые 1990-е гг. ему пришлось примерить на себя много профессий: он был экспедитором, фото-видео оператором, водолазом, мелким производителем электронных устройств, даже перегонял яхты. Но время от времени его приглашали принять участие в научных экспедициях. Его мастерство съёмок, в т.ч. подводных возрастало.
В это время он начал сотрудничать с ААНИИ, но впервые выехать в Арктику получилось только в 2003 г. С тех пор он регулярно в полевой сезон работает в Арктике в качестве видео-фото оператора, водолаза, судоводителя, гидрографа, инженера-метеоролога. В его фильмах и видео предстают работы сотрудников лаборатории ААНИИ «Арктик-шельф». Например, он вёл съёмки в экспедициях «Штокман-зима 2006», «Ямал-зима 2010», «Обская губа 2012», в зимней экспедиции 2017 г. в Баренцево море, в ходе которой впервые осуществлялась буксировка айсберга, «Обская губа 2017» и т.д. На канале Д.Ю. Столбова в YouTube есть его видеоработы: